Más allá de interpretaciones de la historia en siglos posteriores, las excavaciones arqueológicas aportan datos veraces, que en ocasiones pueden cambiar los clichés establecidos. Por ejemplo, el estudio de las tumbas medievales en Toledo son muy esclarecedores y muestran que la población musulmana de Tulaytula no vino de África, sino que fue autóctona. Así se recoge en los estudios antropológicos de Isabel Molero Rodrigo en su tesis doctoral. Es decir, hubo una continuidad de la población previa, carpetana, romana y visigoda, que bien se convirtió al Islam, bien continuó con el Rito Mozárabe. Pero la población en sí era la misma, muchas veces mezclada, y lo continuó siendo después de la conquista de Alfonso VI. No existe entre los musulmanes población africana, como en otras regiones.
«Esto rompe mucho con ese discurso de la invasión musulmana en el siglo VIII, el ADN te dice que aquí siguieron viviendo herederos de los visigodos y romanos, toledanos que decidieron abrazar el Islam como estilo de vida y esa población autóctona pasó a formar parte de Al-Andalus como musulmanes», apunta la especialista en antropología física y divulgadora del Islam Aicha Fernández, que junto al también arqueólogo Sergio Isabel, está haciendo una labor de investigación y divulgación de los cementerios toledanos extramuros hasta el final de la Edad Media.
La Antropología Física, en la que está especializada Aicha Fernández, permite ampliar el conocimiento a partir de los restos humanos aparecidos en las excavaciones, sus etnias o enfermedades, por ejemplo. El problema, apunta Isabel, es que esta labor muchas veces está infravalorada, y no se han estudiado bien los huesos de los restos arqueológicos, que pueden dar muchos datos interesantes. La muestra analizada permite ver la importancia de un sustrato autóctono, en comparación con otras necrópolis, como la de Pamplona. Por tanto, se rompe con el discurso tradicional que aboga por un modelo de conquista homogéneo en todo el territorio peninsular. En Toledo hay continuidad de periodos en cuanto a población.
Estas diferencias de Tulaytula respecto al resto del mundo islámico, advierte Fernández, se da incluso en el torno a las creencias. En el rito Islámico hay una serie de normas establecidas por los alfaquíes, pero en Toledo se ve mucha influencia del imperio Bizantino. De forma que, por ejemplo, aunque los enterramientos siguen el rito islámico, no son tan ortodoxos. En definitiva, «el Islam de la península es un Islam Andalusí con diferencias al de la península arábiga», tanto que tras su expulsión, los moriscos no fueron aceptados en África. Es algo similar a los mozárabes contemporáneos, que eran cristianos arabizados, con una cultura y un rito muy distintos al resto de cristianos, lo que les llevó muchos enfrentamientos con los 'cristianos latinos', que los consideraron como enemigos. En definitiva, al final, destaca Isabel, «fue una misma cultura la que compartieron mozárabes y musulmanes, la diferencia es que cada uno abrazó una religión». Aquella cultura continuó después de la toma de Alfonso VI.
Muerte y enfermedad. Otras conclusiones son que la mortalidad infantil durante aquella época era bastante alta, dado que hay muchos enterramientos con niños. Y los partos eran una de las razones que hacían que también fallecieran muchas mujeres jóvenes. Estos restos también dejan ver enfermedades dentales, así como artrosis, artritis y fracturas, propias de una vida más agraria. Hay además algún caso puntual de enfermedades distintas, como la clasificación de cartílagos. Finalmente, en los restos humanos aparecen los estragos de la guerra, como fracturas o los flechazos. En la Guerra Civil se ha podido incluso estudiar por las fracturas de los cráneos desde dónde se disparó.